برخی از گیاهان دارای ساقه های تخصص یافته برای انجام عملکرد های متفاوت هستد.

انواعی از این ساقه ها عبارتند از :

ریزوم ها ساقه های افقی در زیر خاک هستند که اغلب نزدیک سطح خاک رشد می کنند. ریزوم ها دارای برگ های فلسی شکل و جوانه های جانبی در محل گره ها هستند. ریشه های نابجا در تمام طول ریزیوم، بر روی سطح زیرین تشکیل می شوند. ریزوم زنبق به صورت افقی در زیر زمین رشد می کند، در حالی که ریزوم بارهنگ کبیر به صورت عمودی در زیر خاک رشد می کند.

در گیاهانی مانند سیب زمینی، چندین میان گره در رأس بن رست ها با تجمع مواد غذایی متورم شده و تشکیل غده هایی را می دهند. ” چشم های ” سیب زمینی، گره های واقعی هستند که در یک مارپیچ پیرامون ساقه تغییر یافته، تشکیل می شوند. هر چشم، از یک جوانه جانبی در کنار یک برگ فلسی شکل ساخته شده است.

پیازها، جوانه های بزرگ احاطه شده با تعداد بی شماری برگ های گوشتی هستند که دارای یک ساقه کوچک در انتهای زیرین می باشند. ریشه ها نابجا در قاعده ساقه رشد می کنند. برگ های گوشتی و ذخیره ای به طور فشرده، در اطراف ساقه قرار گرفته اند. در پیازها، برگ های نازک، فلسی شکل و رنگین از بیرون برگ های گوشتی را محافظت می کنند. برگ های پیاز استوانه ای مخروط مانند هستند. دو کناره برگ ها به هم متصل و محل اتصال برگ ها بر روی ساقه، مدور است. گیاهانی مانند لاله، سوسن ها و سنبل پیاز تولید می کنند.

بنه ها به پیاز شباهت دارند، با این تفاوت که کاملاً از بافت ساقه تشکیل شده اند. در بنه چند برگ فلسی شکل از بیرون ساقه را می پوشاند. ریشه های نابجا در قاعده تشکیل می شوند. زعفران و گلایول صحرایی دارای بنه هستند.

در برخی از گیاهان مانند از ملک، ارکیده های خاص و کاکتوس های خاردار، ساقه پهن و برگ مانند می شود. چنین ساقه هایی را کلادوفیل یا کلادود می گویند.

درگیاهانی مانند کاکتوس، ساقه ها گوشتی و دارای مقدار زیادی آب هستند. این گیاهان در هنگام بارندگی، آب را در خود ذخیره می کنند و در فصل خشکی مورد استفاده قرار می دهند.